1,在医药工业上的应用

传统发酵产品包括抗生素、维生素、动物激素、药用氨基酸、核苷酸(如肌苷)等。

90年代以来，常用的抗生素已达100多种，如青霉素类、头孢菌素类、红霉素类和四环素类。

另应用发酵工程大量生产的基因工程药品有人生长激素、重组乙肝疫苗、某些种类的单克隆抗体、白细胞介素-2、抗血友病因子等。

2,在食品工业上的应用

主要包括:

一、生产传统的发酵产品，如白酒、啤酒、黄酒、果酒、食醋、酱油等，

二、生产食品添加剂，防腐剂，色素，香料，营养强化剂。如L-苹果酸、柠檬酸、谷氨酸、红曲素、高果糖浆，黄原胶，结冷胶，赤藓糖醇等。

三、单细胞蛋白的生产。

3,在环境科学领域的应用:污水处理用微生物 。

4,在化工能源领域的应用，包括各种有机酸，长链二元酸，聚合有机物，生物材料，生物塑料，生物多糖，生物氢，燃料乙醇，酒精，丙酮，丁醇，总溶剂。

5,在农业领域的应用:

各种农用，兽用抗生素，维生素，激素，氨基酸，食用菌，酶制剂，微生态制剂，微生物肥料，发酵床，发酵豆粕等

6,主要的酶制剂产品均为发酵工业生产，包括糖化酶，淀粉酶，蛋白酶，纤维素酶，脂肪酶，植酸酶，葡萄糖异构酶，葡聚糖酶，转苷酶等。